Canadá: A la recherche de la super-patate, plus résistante et nutritive

C’est la plante alimentaire non céréalière la plus consommée au monde : la pomme de terre (Solanum tuberosum), introduite en Europe à la fin du 16ème siècle et originaire du Pérou, est aujourd’hui cultivée dans plus de 150 pays. Mais comme toutes les cultures, cette dernière est sensible aux conditions environnementales et la hausse de température suscite des craintes. La plante s’adaptera-t-elle au réchauffement climatique ? Aux accidents climatiques ? Et à l’arrivée probable de nouveaux nuisibles ? En prévision de ces difficultés à venir, une équipe internationale cherche à développer une "super-patate", un cultivar qui serait plus résistant tout en ayant de meilleures qualités nutritionnelles. La première étape de cette démarche est publiée dans les PNAS.

Un super-pangénome des pommes de terre

Pour élaborer leur super-patate, les chercheurs ont d’abord besoin d’isoler des gènes d’intérêts pour cette plante. Afin de les dénicher, ils ont défini son super-pangénome. Le génome désigne l’ensemble des instructions génétiques d’un organisme, qui sont portées par l’ADN. Le pangénome, quant à lui, est une fenêtre sur la diversité génétique au sein d’une même espèce, et le super-pangénome tient compte de plusieurs espèces. Pour ce travail, ont été analysées près de 300 variétés de pommes de terre et d’espèces apparentées à partir de banques de données abritées en Amérique du Nord et au Pérou. "Notre super-pangénome révèle la diversité génétique de la pomme de terre et les types de caractères génétiques que nous pourrions intégrer aux variétés actuellement cultivées pour les améliorer ", explique, dans un communiqué, Martina Stromvik du département de sciences végétales de l’Université McGill (Canada).

Des pistes pour des variétés de pommes de terre plus résistantes

Le pangénome comprend : le génome de base (appelé "core genome"), contenant des gènes présents dans toutes les souches, et le génome accessoire, lui-même composé de gènes spécifiques à certains environnements (appelé "shell genome") et de gènes uniques, spécifiques à certaines souches (appelé "cloud genome"). C’est dans ce dernier compartiment que les scientifiques ont décelé un grand nombre de transposons, des séquences d’ADN pouvant se déplacer de manière autonome dans le génome et parfois à l’origine de nouveaux phénotypes. Reste maintenant à définir pour quels caractères ils codent et identifier ceux qui pourraient permettre de créer de nouvelles variétés "capables de résister à diverses maladies et de mieux tolérer les conditions météo extrêmes comme les pluies abondantes, le gel et la sécheresse", précise Martina Stromvik.